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SILAC+IP-MS-蛋白質(zhì)互作定量分析整體服務(wù)
更新時(shí)間:2019-12-26   點(diǎn)擊次數(shù):1600次

SILAC+IP-MS-蛋白質(zhì)互作定量分析整體服務(wù)簡介:

利用IP純化蛋白質(zhì)復(fù)合物時(shí),除了能捕獲到Target蛋白及其互作蛋白之外,細(xì)胞中一些與抗體/抗體偶聯(lián)材料(agarose、magnetic beads等)高親和的蛋白質(zhì)也會(huì)被一起捕獲下來(非特異性粘附蛋白),并且這些蛋白都是高豐度的。故而,在后續(xù)的LC-MS鑒定時(shí),這些非特性的蛋白質(zhì)會(huì)被高頻率的檢測到。這就帶來了一個(gè)很困擾的問題:由于沒有定量信息,在眾多鑒定到的蛋白質(zhì)中,如何才能排除非特性的粘附蛋白,找出真正的、與target特異性互作的蛋白。

將SILAC和IP技術(shù)相結(jié)合,借助SILAC引入質(zhì)量差異,IP完成后,蛋白質(zhì)復(fù)合物通過LC-MS分析,可同時(shí)完成定性(即鑒定,給出樣品中有那些蛋白質(zhì))和定量(給出每個(gè)蛋白質(zhì)被IP富集的相對(duì)程度)。根據(jù)定量結(jié)果結(jié)合軟件統(tǒng)計(jì)分析,即可直接區(qū)分出那些是target特異性的相互作用蛋白(SILAC ratio>1.0),那些是非特異性的粘附蛋白(SILAC ratio=1.0)。從而快速篩選和鎖定特異性的相互作用分子,后續(xù)生物學(xué)驗(yàn)證成功率明顯提高。

技術(shù)和實(shí)驗(yàn)方案”高、大、上“,能顯著提高文章的檔次。

整體服務(wù)方案:

客戶只需提供基因名稱和細(xì)胞株即可,我方負(fù)責(zé)完成后續(xù)所有實(shí)驗(yàn),包括:

基因克隆與慢病毒制備。

穩(wěn)定細(xì)胞株構(gòu)建與鑒定。

細(xì)胞SILAC標(biāo)記及標(biāo)記效率檢測。

細(xì)胞擴(kuò)增培養(yǎng)。

IP純化蛋白質(zhì)復(fù)合物并SDS-PAGE分離。

切割條帶,LC-MS測試分析。

MS數(shù)據(jù)定性和定量分析,依據(jù)SILAC的定量值(SILAC ratio)篩選潛在的互作蛋白。

挑選潛在的候選驗(yàn)證蛋白(6個(gè))進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證。承諾6個(gè)驗(yàn)證蛋白,至少給出1個(gè)陽性的互作。

參考文獻(xiàn):

Nat Immunol 2014, 15(2):112-117.

Proc Natl Acad Sci U S A 2014, 111(51):18219-18224.

Science 2013, 340(6131):475-478.

Nat Cell Biol 2013, 15(6):625-636.

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